Con la suma de nuevos territorios y de tan diversa índole que iba adquiriendo la Monarquía Hispánica ésta tuvo que actualizar sus diferentes organismos de gobierno y de consulta. Así, se crearon los Consejos y las Juntas. Los primeros, como evolución y puesta al día de los Consejos Reales de época medieval, eran órganos consultivos destinados a actuar en unos determinados espacios y funciones.
En época medieval surgieron en la Corona de Castilla y de Aragón un conjunto de Órdenes Militares para la conquista de nuevas tierras y seguridad de las coronas. Las órdenes eran, para el Reino de Castilla: la Orden de Calatrava, la Orden de Alcántara, la Orden de Santiago; y para el Reino de Aragón: la Orden de San Jorge de Alfama y la Orden de Montesa (la orden de San Jorge fue incorporada a la de Montesa en 1400). Cada orden tenia un Maestre que era la máxima autoridad jurídica y militar, esta figura fue siendo absorbida por una única persona, el rey Fernando de Aragón, durante su reinado con Isabel de Castilla, a medida que las órdenes se iban quedando sin Maestre y, a la par, sin Maestrazgos.
El Consejo de Órdenes Militares se creó durante la Monarquía de los Reyes Católicos, en 1499, con la finalidad de administrar los maestrazgos de las órdenes militares, la intervención en asuntos de gracia y patronato y las concesiones de hábitos. El Consejo de Órdenes agrupó a las órdenes de Santiago, Calatrava, Alcántara y Montesa. Dicho consejo era formado por un presidente y cuatro consejeros (uno por orden) y se dividía en dos salas, una sala de Gobierno y una sala de Justicia.